Niektóre wydatki związane z podróżą służbową mogą być zaliczone do kosztów podatkowych, podlegają one ujęciu w KPiR. Zapisy dotyczące kosztów podróży służbowej, diet właściciela i osób z nim współpracujących dokonuje się na podstawie rozliczenia tych kosztów przygotowanego na dowodzie wewnętrznym, zwanym rozliczeniem podróży służbowej.
Nadpłata związana z zapłatą podatku w większej wysokości niż wynikało to z obowiązku podatnika, w pierwszej kolejności zaliczana jest na poczet zaległości podatkowych – tak mówi art. 76 Ordynacji podatkowej. Urząd dokonuje tego zaliczenia automatycznie. Nie ma więc potrzeby składania jakichkolwiek pism przez podatnika.